Der Unterschied Arduino und Nibo Burger / Nibo Bee ->
www.roboter.cc/index.php?option=com_kunena&view=topic&catid=19&id=2486&Itemid=20#3389
Wenn der Bootloader programmiert ist, sollte man nicht mehr den eingebauten Programmer verwenden, sondern den NiboBurger mit der seriellen Schnittstelle an den PC anschliessen (eben so, wie beim Arduino).
Wegen der 128er Fuses..
www.nibo-roboter.de/wiki/Ausgesperrt
Die Fuses bei meinem NiboBurger mit Original ATmega16 stehen auf hfuse = D1 und lfuse = EF.
Beim 1284er müssten die hfuse und lfuse genauso stehen, und efuse = FF sein.
Aber wie willst Du die Fuses programmieren?
www.mikrocontroller.net/articles/AVR_Fuses
Ob das mit dem RoboDude geht - weiß ich nicht. Mit dem AvrDude (ich verwende ihn mit dem Burn-O-Mat) kann man Fuses lesen und schreiben.
Der onBoard Quarz ist am ATtiny direkt angeschlossen, über einen 10nF Kondensator wird dann das Taktsignal zum ATmega16 "weitergeleitet".