Ich habe den Nibo2 bereits erfolgreich mit der NIBO-Arduino Bibliothek programmiert, wenn ich aber auf den Nibobee gehe und eines der Beispielsketches ausführen übersetzen will kommt eine Kette von Fehlermeldungen, angefangen mit "bgx1_protocol.h: no such file". Kann man den NIBObee auch mit der Arduino Umgebung programmieren, oder ist dies erst im Entstehen? wann wäre es vermutlich verwendbar?

Das sollte mit der NiboRoboLib 3 schon verwendbar sein!!

• download.nicai-systems.com/nibo/niborobolib_300_x64.msi - 64 Bit Variante
• download.nicai-systems.com/nibo/niborobolib_300_x86.msi - 32 Bit Variante

welche Verzeichnisse aus der NiboRoboLib muss ich denn dafür in das Arduino Verzeichnis kopieren?

Der Installer kopiert die Dateien automatisch in das Arduino Verzeichnis...
Welches Betriebssystem verwendest Du denn?

Win8.1, ich habe gerade niborobolib_300_x64 aufgerufen und die Arduino Integration erneut installiert,
leider bekomme ich weiterhin die gleiche Fehlermeldung utility/bgx1_protocol.h würde fehlen,
diese Datei ist auch nicht vorhanden im Arduino\libraries Verzeichnis.
würde es funktionieren, wenn man die entsprechende #include Zeile löscht?

Ja stimmt, die Datei fehlt im Installer! Im SVN Repository ist sie schon vorhanden:
sourceforge.net/p/nibo/code/HEAD/tree/niborobolib/trunk/arduino/libraries/NIBObee/utility/bgx1_protocol.h